Naruto, Sasuke ile şelaledeki dövüşünün ardından Sasuke'yi geri getirmekte başarısız olmuştur. Orochimaru'nun Sasuke'nin vücudunu tamamen ele geçirmesi 3 yıl sürecektir. Bu süre içinde Naruto'nun, Sasuke'yi geri getirmesi gereklidir. Ancak bu kez Sakura da, Naruto'ya yardım etmeye karar verir. Bu yüzden, Naruto; Jiraiya'nın, Sakura; Tsunade'nin öğrencileri olur ve eğitimlerine başlarlar. Tüm bunlar olurken Akatsuki'nin başka planları vardır.

Not: Naruto Shippuuden, uzun zamandır doldurma bölümlerle ilerleyen TV serisinin mangayı bıraktığı yerden (135. Bölüm) sonrasını anlatıyor.