Çılgın bilim insanı Okabe Kurisu’yu kurtarmada başarılı olamadığı bir girişimin ardından kendini toplamaya çalışmaktadır ancak pes eder ve bilim insanı kişiliğini geride bıraktığı gibi geçmişin peşinde koşmaktan da vazgeçecektir. Her şeyin normale döndüğü düşünüldüğünde Kurisu’nun bir tanıdığıyla karşılaşacaktır. Bu kişi ona kişilerin hafızalarını saklayarak onların kişiliğini taşıyan bir simülasyonu oluşturmaya yarayan bir cihazın deneme aşamasında olduğunu söyler. Bunun üzerine Okabe testlere başlar ve Kurisu’nun simülasyonunun beraberinde beklenmeyen trajediler getirdiğini öğrenir.