Yönetmen Kenji Kamiyama ve ekibi, Ghost in the Shell: Stand Alone Complex serisine 26 Bölümlük devam serisi ile devam ediyorlar. Bu ikinci seride Ghost in the Shell ve Ghost in the Shell 2: Innocence filmlerinin yönetmeni Mamoru Oshii de fikirleri ile seriye katkıda bulunmuştur. 9. Şube, mülteciler ve nükleer sorun gibi politik sorunlarla yine uğraşmak durumunda kalıyorlar. Bu sefer diğer bir devlet kurumu olan Bakanlar Kurumu Bilgi Bürosu ile 9.Şube arasında anlaşmazlık hat safahya varırken "Individual Eleven (Bireysel On Bir)" adlı bir terörist grup hikayeye dahil oluyor.