Madoka Kaname, rüyasında tanımadığı bir kızın zor bir savaş verdiğini ve küçük bir yaratığın kendisinden bu savaş için yardım istediğini görür. Ertesi gün okula yeni katılan transfer öğrenci Homura Akemi tam da rüyasında gördüğü kızdır. Kaname, arkadaşı Sayaka Miki ile eve dönerken derinden birisinin yardım istediğini işitir. Sesi takip ettiğinde yardım isteyenin rüyasında gördüğü Kyubei isimli küçük yaratık olduğunu görür. Kyubei Homura'dan kaçmaktadır ve yara içindedir. Kyubei'nin kaçmasına yardım ettikten sonra Kyubei'nin dostu olan Mami Tomoe adlı büyülü güçlere sahip bir kız gelir ve Kyubei'nin yaralarını iyileştirir. Kyubei, Kaname ve Miki'ye cadılarla savaşmaları karşılığında büyülü güçler vereceğini ve bir dileklerini yerine getireceğini söyler. Mami kızların bu teklifi kabul etmelerini desteklerken, kendisi gibi "Büyülü Kız" olan Homura ise bir sebepten dolayı bunu istememektedir.