X-Men, zulüm gören insanları korumak için, Profesör X tarafından toplanılmış seçkin, süper-güçlü mutantlardır. Aralarından birinin ölümünden sonra, takım bir kaç yıl görev yapmayı bırakır. Daha sonra Profesör X, Japonya'da bir mutant kızın ani kayboluşunu duyar. İşlerin daha da büyüyeceğini hisseder ve takımını toplayıp olayı araştırmaya gider. Kızın kayboluşuyla U-Men adlı anti-mutant grubu arasında bir bağlantı ortaya çıkar.